Ich verstehe es nicht. Heute Vormittag alle möglichen Möglichkeiten, auch ohne Jason, probiert und nix. Jetzt wieder ein Versuch und klappte 
Hiermit klappt es jetzt:
<?php
$PayloadSet = [];
$Zones = [];
$PayloadSet['region_id'] = 1;
$Zones = [];
$Zone["x"] = 1;
$Zone["y"] = 1;
$Zones[] = $Zone;
$Zone["x"] = 4;
$Zone["y"] = 7;
$Zones[] = $Zone;
$PayloadSet['zones'] = $Zones;
$PayLoad['region_upsert'] = $PayloadSet;
var_dump(json_encode($PayLoad));
Z2M_Command(44858, 'set', json_encode($PayLoad));
?>
Ralf