Du bist schon auf dem richtigen Weg - du willst vorher IP-Symcon stoppen. Am einfachsten kannst du das mit SSH (putty) machen. Sobald du eingeloggt bist, folgendes eintippen:
/etc/init.d/S90symcon stop
Sobald du die Dateien kopierst hast, kannst du auf die Web Oberfläche gehen, wodurch IPS direkt neugestartet wird.