Auf jeden Fall ein Backup machen. Wenn sonst nichts auf dem PI läuft, kannst du ihn im Zweifel neu aufsetzen, IPS installieren und das Backup zurückspielen. Oder du nutzt eine zweite SSD/SD-Karte.
Ich hab ähnliches erst gestern gemacht von Win10 auf Ubuntu Server (ohne Desktop) und es hat keine Probleme gemacht.
Das Ganze läuft auf einer org. Pi-SSD (Shield)
Wenn ich es richtig verstanden habe vorher nur den neue Signierungsschlüssel herunterladen
Sicherung erfolgt täglich automatisch