Hängt dies vielleicht mit dem Startverhalten der SSD zusammen.
Schau mal nach der Bootmöglichkeit vom Laufwerk beim RasPi 3. Da gibt es doch eine Möglichkeit das Booten vom Laufwerk etwas zu verzögern. Vielleicht kann man das für dein Problem nutzen. Ist aber nur Spekulation.